Next generation sequencing (NGS) 免费二代测序数据分析工具

基因组重测序

Bwa http://bio-bwa.sourceforge.net      比对工具

Dindel       http://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel     小的插入/缺失发现

Erds http://www.duke.edu/~mz34/erds.htm          拷贝数变异发现

Pindel       http://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/         小的插入/缺失发现

Samtools http://samtools.sourceforge.net    操控比对后数据的工具

Sequence Variant Analyzer      http://www.svaproject.org     在基因组背景下显示变异

Chip-Seq

Findpeaks http://vancouvershortr.sourceforge.net        　

RNA-Seq

Bowtie     http://bowtie-bio.sourceforge.net 比对工具

Cufflinks   http://cufflinks.cbcb.umd.edu         测定转录本丰度

Tophat      http://tophat.cbcb.umd.edu   剪接点定位

De Novo 拼接

Abyss        http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss         　

Oases       http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/  根据转录组数据拼接

Velvet       http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/ 　

基因组浏览器

Integrated Genome Browser  http://www.bioviz.org/igb/     　

Integrative Genomics Viewer http://www.broadinstitute.org/software/igv/