蛋白表达数据库大全

蛋白序列数据库:

★SWISS-PROT是对数据人工审读很严格的蛋白质库。http://www.expasy.ch/sprot/

★TrEMBL是从EMBL库中的核酸序列翻译出来的氨基酸序列，已经完成了自动注释。http://www.ebi.ac.uk:5000

★PIR是蛋白质信息资源的缩写。http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/

★GenBank是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列，与TrEMBL相似、但没有像后者那样经专家审读。http://www.infobiogen.fr/srs/

★PROSITE,由专家根据生物知识审编的SWISS-PROT蛋白质序列中有生物意义的位点、模式和轮廓的数据库。http://www.expasy.ch/prosite/

★PrositeScan服务器，根据用户填表提交的蛋白质序列搜索PROSITE模式。http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html

蛋白核酸结构在线预测

核酸序列的预测分析

1.重复序列分析

CENSORhttp://www.girinst.org/

RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker

Xblast程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

2. 数据库搜索

NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

3.编码区统计特性分析:

GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/

GenMARKwww.genmarkag.com/

tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html

常用生物学数据库

核酸数据库

1. GenBank 美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。

2. EMBL Database 欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。

3. DDBJ DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序列数据库。

4. TIGR DATAbase世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。

5. UniGene 属于genebank一部分，整合mRNA、EST序列以及功能gene的生物基因聚类数据库。

6. KEGG 京都基因与基因组百科全书，基因相互作用数据库。

7. IMGT ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。

8. dbEST 序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。

9. miRBase the microRNA database 生物microRNA数据库

10. 5S rRNA 5S rRNA 数据库。

11. EPD 真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）

世界八大创新集群

麻省理工学院《技术评论》杂志2013年9／10月号介绍了世界8大创新集群的基本情况，北京在其中。

硅谷	波士顿	伦敦 技术城	巴黎－ Saclay超级校区	以色列	俄罗斯 斯科尔科沃科技园	印度 班加罗尔	北京
风险资金 112亿美元	风险资金 36亿美元	风险资金 1.61亿美元	政府投资 32.5亿美元	风险资金 10亿美元	政府投资 25亿美元	风险资金 3亿美元	风险资金 14亿美元
顶级公司： 谷歌、苹果	顶级公司： Akamai, Genzyme	顶级公司： Techstars， Last.fm	顶级公司： EADS， 西门子	顶级公司： Waze， Teva	顶级公司： IBM， Rusnano	顶级公司： Infosys, Wipro	顶级公司： 百度， 联想
关键事实	关键事实	关键事实	关键事实	关键事实	关键事实	关键事实	关键事实
64％的员工是外国人	美国生物医学经费最多的地区	2010年建立了初创公司推动计划	2013年破土动工	集聚了23万名高技术员工	2010年落成	网民人数年增26％	集聚了70所高等院校

吐槽医学生是如何炖鸡的

医学生是如何炖鸡的，兼论一个不想成为厨子的医学生不是一个好的段子手

http://i.dxy.cn/feed/1384486650851250611

Next generation sequencing (NGS) 免费二代测序数据分析工具

基因组重测序

Bwa http://bio-bwa.sourceforge.net      比对工具

Dindel       http://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel     小的插入/缺失发现

Erds http://www.duke.edu/~mz34/erds.htm          拷贝数变异发现

Pindel       http://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/         小的插入/缺失发现

Samtools http://samtools.sourceforge.net    操控比对后数据的工具

Sequence Variant Analyzer      http://www.svaproject.org     在基因组背景下显示变异

Chip-Seq

Findpeaks http://vancouvershortr.sourceforge.net        　

RNA-Seq

Bowtie     http://bowtie-bio.sourceforge.net 比对工具

Cufflinks   http://cufflinks.cbcb.umd.edu         测定转录本丰度

2012年度中国最佳医院排行榜（综合）TOP10

排名	医院
1	北京协和医院
2	四川大学华西医院
3	中国人民解放军总医院
4	上海交通大学医学院附属瑞金医院
5	第四军医大学西京医院
6	复旦大学附属华山医院
7	复旦大学附属中山医院
8	中山大学附属第一医院
9	北京大学第一医院
10	华中科技大学同济医学院附属同济医院

来源：人民网

免费下载SCI全文文献的14个方法

近年来随着PLoS ONE这艘超级航母的成功打造，开放存取(Open Access)更多地进入了人们的眼球，免费阅读下载全文文献的时代已经来临，当然这种方式对于读者来说，是相当幸福的，但对于发表在OA期刊上的原文作者来说，确实付出了一些代价，如PLoS ONE对于中国大陆的作者收取版面费标准为1350美元每篇，这在所有国际期刊中，是一个比较高的数额了。

除了PLoS ONE外，还有众多OA期刊，下面为大家推荐一些常用OA期刊检索系统：

1、DOAJ OA期刊检索平台：http://www.doaj.org

DOAJ (Directory of Open Access Journal)，由瑞典的隆德大学图书馆 Lund University Libraries设立于2003年5月，从最初的350种期刊开始，截至2011年6月，已收录开放存取期刊6596种、文章超过57万篇。该目录收录的均为学术性、研究性期刊，具有免费、全文、高质量的特点。其质量源于所收录的期刊实行同行评审，或者有编辑作质量控制，故而对学术研究有很高的参考价值。

常用生物实验技术原理汇总

一、GST pull-down实验
基本原理:将靶蛋白-GST融合蛋白亲和固化在谷胱甘肽亲和树脂上,作为与目的蛋白亲和的支撑物,充当一种"诱饵蛋白",目的蛋白溶液过柱,可从中捕获与之相互作用的"捕获蛋白"(目的蛋白),洗脱结合物后通过SDS-PAGE电泳分析,从而证实两种蛋白间的相互作用或筛选相应的目的蛋白,"诱饵蛋白"和"捕获蛋白"均可通过细胞裂解物、纯化的蛋白、表达系统以及体外转录翻译系统等方法获得。此方法简单易行,操作方便。注：GST即谷胱甘肽巯基转移酶(glutathione S-transferase)

二、足印法（Footprinting）
足印法（Footprinting）是一种用来测定DNA-蛋白质专一性结合的方法，用于检测目的DNA序列与特定蛋白质的结合，也可展示蛋白质因子同特定DNA片段之间的结合。其原理为：DNA和蛋白质结合后，DNA与蛋白的结合区域不能被DNase（脱氧核糖核酸酶）分解，在对目的DNA序列进行检测时便出现了一段无DNA序列的空白区(即蛋白质结合区)，从而了解与蛋白质结合部位的核苷酸数目及其核苷酸序列。

三、染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，利用该技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰以及转录因子与基因表达的关系。
染色质免疫沉淀技术的原理是：在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起，通过超声或酶处理将染色质切为小片段后，利用抗原抗体的特异性识别 反应，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定，染色质断裂，染色质免疫沉淀，交联反应的逆转，DNA的纯化及鉴定。

四、基因芯片（又称 DNA 芯片、生物芯片）技术
基因芯片指将大量探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。通俗地说，就是通过微加工技术 ，将数以万计、乃至百万计的特定序列的DNA片段（基因探针），有规律地排列固定于2cm2 的硅片、玻片等支持物上，构成的一个二维DNA探针阵列，被称为基因芯片。基因芯片主要用于基因检测工作