当我们得到一个DNA序列时，一般都需要对该片段进行分析，确定它的功能区域，寻找调控区域、编码区域，预测其编码蛋白，这些就是我们研究DNA序列的目的。
核酸序列的预测就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置及功能位点，以及标记已知的序列模式等过程。在此过程中，确认一段DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持：
1、一般而言，在重复片段频繁出现的区域里，基因编码区和调控区不太可能出现；
2、如果某段DNA片段的假想产物与某个已知的蛋白质或其它基因的产物具有较高序列相似性的话，那么这个DNA片段就非常可能属于外显子片段；
3、在一段DNA序列上出现统计上的规律性，即所谓的“密码子偏好性”，也是说明这段DNA是蛋白质编码区的有力证据；
2014年1月18日星期六
序列组装后的生物信息学分析
对一种真菌的基因组测序研究或许能够回答下面的问题:
为什么一种真菌能够成为病原物,而另外一种能够成为一种杀虫剂。
同样的，对水稻或者其它工程菌的测序或许也能回答下面的问题：
为什么有的水稻穗大粒多，高产，而另外一种水稻穗小粒少，低产。
下一代的测序技术(SOLiD, 454 and Genome Analyzer System)使得对真菌进行快速的测序成为可能,
在得到测序数据后,主要要进行后续的数据处理和分析:
第一步:
对序列进行组装,如果是重测序,可以用MAQ进行组装;
如果是对新物种进行(de novo)测序,用velvet进行组装.
第二步:
对组装后得到的Scaffold进行全基因组基因注释:
包括:基因组组分分析;编码基因预测;重复序列注释;Non-coding RNA基因注释;Micro RNA基因注释;tRNA基因注释;假基因(Pseudogene)注释等.
为什么一种真菌能够成为病原物,而另外一种能够成为一种杀虫剂。
同样的，对水稻或者其它工程菌的测序或许也能回答下面的问题：
为什么有的水稻穗大粒多，高产，而另外一种水稻穗小粒少，低产。
下一代的测序技术(SOLiD, 454 and Genome Analyzer System)使得对真菌进行快速的测序成为可能,
在得到测序数据后,主要要进行后续的数据处理和分析:
第一步:
对序列进行组装,如果是重测序,可以用MAQ进行组装;
如果是对新物种进行(de novo)测序,用velvet进行组装.
第二步:
对组装后得到的Scaffold进行全基因组基因注释:
包括:基因组组分分析;编码基因预测;重复序列注释;Non-coding RNA基因注释;Micro RNA基因注释;tRNA基因注释;假基因(Pseudogene)注释等.
2014年1月1日星期三
生物信息学中的基因序列分析软件
摘 要：近年来，随着人类基因组计划的实施，极大的推动了生物信息学的发展。随之而来的大量核酸和蛋白质数据的积累及分析这些数据中所蕴涵的生物学意义成为生物学的主要任务。这样，大量的基因组数据不得不借助生物信息学技术进行自动分析和处理，如利用开放阅读框架（Open Reading Fram）检测算法自动寻找基因组dna序列中的基因；对蛋白质、核苷酸数据库进行类似性检索或同源性检索等[1]。相应的，生物信息学各个领域中的软件层出不穷，已广泛用于基因序列数据的获取、处理、分析和管理，并得到不断的改进和完善。本文研究观察了一些本地计算机上运行的基因序列处理、分析软件，目的在于帮助生物学研究者选择最有效的基因序列分析工具。
2013年11月29日星期五
蛋白核酸结构在线预测
核酸序列的预测分析
1.重复序列分析
CENSORhttp://www.girinst.org/
RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker
Xblast程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
2. 数据库搜索
NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
3.编码区统计特性分析:
GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
GenMARKwww.genmarkag.com/
tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/
GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html
1.重复序列分析
CENSORhttp://www.girinst.org/
RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker
Xblast程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
2. 数据库搜索
NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
3.编码区统计特性分析:
GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
GenMARKwww.genmarkag.com/
tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/
GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html
2013年11月28日星期四
Next generation sequencing (NGS) 免费二代测序数据分析工具
基因组重测序
Bwa http://bio-bwa.sourceforge.net 比对工具
Dindel http://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel 小的插入/缺失发现
Erds http://www.duke.edu/~mz34/erds.htm 拷贝数变异发现
Pindel http://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/ 小的插入/缺失发现
Samtools http://samtools.sourceforge.net 操控比对后数据的工具
Sequence Variant Analyzer http://www.svaproject.org 在基因组背景下显示变异
Chip-Seq
Findpeaks http://vancouvershortr.sourceforge.net
RNA-Seq
Bowtie http://bowtie-bio.sourceforge.net 比对工具
Cufflinks http://cufflinks.cbcb.umd.edu 测定转录本丰度
2013年11月9日星期六
【软件】BioEdit v7.0
【功能简介】
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BioEdit是一个性能优良的免费的分子生物学应用软件，可对核酸序列和蛋白质序列进行常规的分析操作等。与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口。
新版本还增加了不少功能，如引物设计等。
总之与 DNAMAN 相比，有过之而无不及，强烈推荐使用:-)
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BioEdit是一个性能优良的免费的分子生物学应用软件，可对核酸序列和蛋白质序列进行常规的分析操作等。与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口。
新版本还增加了不少功能，如引物设计等。
总之与 DNAMAN 相比，有过之而无不及，强烈推荐使用:-)
【汉化说明】
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先行安装原英文版软件，再安装本简体中文包后运行主程序即可!
本简体中文语言包是在7.0.1基础上汉化的，同时也可以使用于各个版本的BioEdit。因采用外挂语言包形式，故软件中仍有不少地方显示为英文。
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先行安装原英文版软件，再安装本简体中文包后运行主程序即可!
本简体中文语言包是在7.0.1基础上汉化的，同时也可以使用于各个版本的BioEdit。因采用外挂语言包形式，故软件中仍有不少地方显示为英文。
本文来自：叉叉实验室 » 《BioEdit V7.0.1 汉化版》 »转载请注明出处
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