蛋白质预测分析

物理性质预测： 
Compute PI/MW http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPShttp://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html

基于组成的蛋白质识别预测 
AACompIdent http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html AACompSim http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.html 

二级结构和折叠类预测
nnpredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredictPredictprotein http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html

核酸序列预测分析的基本思路

当我们得到一个DNA序列时，一般都需要对该片段进行分析，确定它的功能区域，寻找调控区域、编码区域，预测其编码蛋白，这些就是我们研究DNA序列的目的。 

核酸序列的预测就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置及功能位点，以及标记已知的序列模式等过程。在此过程中，确认一段DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持： 
1、一般而言，在重复片段频繁出现的区域里，基因编码区和调控区不太可能出现； 
2、如果某段DNA片段的假想产物与某个已知的蛋白质或其它基因的产物具有较高序列相似性的话，那么这个DNA片段就非常可能属于外显子片段； 
3、在一段DNA序列上出现统计上的规律性，即所谓的“密码子偏好性”，也是说明这段DNA是蛋白质编码区的有力证据； 

microRNA靶基因预测常用软件介绍

认为RNA仅是DNA与蛋白质之间的过渡的时代已经终结，microRNA的发现使科研界再次聚焦RNA。

microRNA(miRNA)是一类长22 nt左右的内源非编码小RNA，广泛存在于动物、植物和病毒等物种中。1993年，Lee等人首先在秀丽线虫体内发现了首个miRNA lin-4，进一步研究表明，lin-4 RNA通过与lin-14基因3′ UTR特异性结合降低LIN-14蛋白的表达水平。miRNA基因通常位于基因间或内含子区域，由RNA聚合酶Ⅱ转录产生pri-miRNA，pri-miRNA具有帽子结构和多聚腺苷酸尾巴，pri-miRNA在核酸酶Drosha作用下切割生成70nt左右的pre-miRNA，核酸酶Dicer切割pre-miRNA最终生成22nt左右的miRNA单链分子。成熟的miRNA分子与Argonaute等蛋白形成RNA诱导的沉默复合体(RISC)抑制靶基因表达。

【软件】BioEdit v7.0

【功能简介】
—————————————————-
BioEdit是一个性能优良的免费的分子生物学应用软件，可对核酸序列和蛋白质序列进行常规的分析操作等。与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口。
新版本还增加了不少功能，如引物设计等。
总之与 DNAMAN 相比，有过之而无不及，强烈推荐使用:-)

【汉化说明】
—————————————————-
先行安装原英文版软件，再安装本简体中文包后运行主程序即可!
本简体中文语言包是在7.0.1基础上汉化的，同时也可以使用于各个版本的BioEdit。因采用外挂语言包形式，故软件中仍有不少地方显示为英文。

Download “bioedit v7.0”ilab – Downloaded 0 times – 4 kB

本文来自：叉叉实验室 » 《BioEdit V7.0.1 汉化版》 »转载请注明出处

结构功能在线预测

核酸序列的预测分析
 重复序列分析
CENSORhttp://www.girinst.org/
RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker
Xblast程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
 数据库搜索
NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
 编码区统计特性分析:
GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
GenMARKwww.genmarkag.com/
tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/
GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html