生物信息在线工具

Primer design tools:

NCBI/Primer-BLAST   Finding primers specific to your PCR template (using Primer3 and BLAST).

Primer3web4.0            Pick primers from a DNA sequence.

GeneFisher2                  Design of degenerate PCR Primer for known or unknown targets.

Primer3Plus                   Pick primers from a DNA sequence.

MFEprimer-2.0            A fast thermodynamics-based program for checking PCR primer specificity.

DimerChecker              Check the possible primer dimers and hairpins

PriDimerCheck             Checking the possible primer dimers for multiplex PCR.

AutoDimer                    Rapidly screen PCR primers for primer-dimer and hairpin interactions.

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Secondary structure folding:

mfold web server                MFE (Minimum Free Energy) RNA structure prediction algorithm.

RNAfold web server         Predict secondary structures of single stranded RNA or DNA sequences.

RNAstructure                     For RNA and DNA secondary structure prediction and analysis.

RNAsoft                             Software for RNA/DNA secondary structure prediction and design

RNA Inverse Folding          For inverse folding

图解ClustalX多序列比对

软件简介:
　　CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。
　　序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。

主要功能：
　　你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；
　　你可以选择序列子集进行比对；
　　你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；
　　可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

生物信息学分析实例

ORF预测的可靠性检验
设计引物：Primer Premier 5.0评估引物质量：Oligo 6.65 或Oligonucleotide Properties Calculator
NCBI的blast 2 SEQUENCES程序 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/wblast2.cgi

核苷酸序列＝>氨基酸序列
制作密码子用法表
蛋白质理化性质分析
在线分析
ExPasy服务器上的ProtParam http://us.expasy.org/tools/protparam.html 

【软件】Endnote X6 文献管理

软件类别：生物软件-文献管理

软件授权：共享版/破解版

软件版本：7.0/6.0

软件语言：英文

应用平台：Windows

软件介绍

EndNote 是一个著名的参考文献管理软件，用来创建个人参考文献库，并且可以加入文本、图像、表格和方程式等内容及链接等信息，能够与 Microsoft Word 完美无缝链接，方便地插入所引用文献并按照格式进行编排。

EndNote 有着易用的界面和强大的文献搜索功能，对中文也支持良好，是科研工作者不可多得的好助手，无论是文献的检索、管理、文献全文的自动获取，还是论文写作过程中的文献引用插入、SCI 期刊模板等方面，均可为用户提供强大帮助。

EndNote 的功能可以分为以下几个方面：

• 文献检索工具：可以在软件界面搜索多个数据库，而无需逐一打开数据库网站；
• 文摘及全文的管理工具：可以帮助我们高效管理大量的文献信息；
• 引文编排工具：可以自动帮助我们编辑参考文献的格式；
• 文献共享与协作工具。

【软件】DNAMAN v8.0 全功能英文免注册版

『软件信息』

软件名称：DNAMAN

软件版本：8.0.8.789

官方网站：http://www.lynnon.com/

【软件】BioEdit v7.0

【功能简介】
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BioEdit是一个性能优良的免费的分子生物学应用软件，可对核酸序列和蛋白质序列进行常规的分析操作等。与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口。
新版本还增加了不少功能，如引物设计等。
总之与 DNAMAN 相比，有过之而无不及，强烈推荐使用:-)

【汉化说明】
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先行安装原英文版软件，再安装本简体中文包后运行主程序即可!
本简体中文语言包是在7.0.1基础上汉化的，同时也可以使用于各个版本的BioEdit。因采用外挂语言包形式，故软件中仍有不少地方显示为英文。

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本文来自：叉叉实验室 » 《BioEdit V7.0.1 汉化版》 »转载请注明出处