常用生物学数据库

核酸数据库

1. GenBank 美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。

2. EMBL Database 欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。

3. DDBJ DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序列数据库。

4. TIGR DATAbase世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。

5. UniGene 属于genebank一部分，整合mRNA、EST序列以及功能gene的生物基因聚类数据库。

6. KEGG 京都基因与基因组百科全书，基因相互作用数据库。

7. IMGT ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。

8. dbEST 序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。

9. miRBase the microRNA database 生物microRNA数据库

10. 5S rRNA 5S rRNA 数据库。

11. EPD 真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）

蛋白数据库

1. ExPASy: proteomics Expert Protein Analysis System, 从字面理解即为专业蛋白质分析系统, ExPASy由瑞士生物信息学研究所维护（Swiss Institute of Bioinformatics, SIB），提供从序列（Swiss－Prot）到结构(Swiss-Model)，以及2－D Page等蛋白质操作相关的全套服务。提供neXtProt (human proteins ）,PROSITE (protein domains and families ), STRING(protein-protein interactions ), SWISS-MODEL (protein structure homology models ),UniProtKB ( functional information on proteins) 以及Swiss-Prot （protein sequence database）等多种蛋白数据库以及众多蛋白质序列或结构在线分析工具。

2. STRING (protein-protein interactions )蛋白相互作用数据库

3. SWISS-MODEL (protein structure homology models )蛋白质三维比较结构模型，蛋白质三维结构预测

4. SWISS-PROT SWISS-PROT 蛋白序列数据库，由日内瓦大学医学生物化学系与EMBL（欧洲分子生物学实验室）共同维护，是欧洲最主要的蛋白序列数据库，世界两大蛋白序列数据库之一。

5. UniProtKB ( functional information on proteins)蛋白序列结构以及功能信息数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。

6. PIR PIR（Protein Information Resource）蛋白信息数据库，由美国国家生物医学研究基金会（National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白序列数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。

7. PDB Brookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。

8. DOMO （Protein Domain database 蛋白质结构域数据库）

9. Pfam （Pfam protein domain database 蛋白质结构域数据库）

10. PROSITE 蛋白特征序列字典。

11. PhosphoSitePlus 蛋白磷酸化修饰位点数据库。

12. ENZYME 蛋白酶数据库。

13. REBASE （Restriction enzymes and methylases database 限制性酶和甲基化酶数据库）

14. HSSP 同类二级结构蛋白（Homology-derived secondary structure of proteins ）数据库。

15. BLOCKS 蛋白序列块数据库（Protein Blocks Database）。

16. KABAT 具有免疫学重要性的蛋白数据库（Database of Proteins of immunological interest）。

17. InterPro 蛋白家族数据库Protein Family Database数据库。

18. TMBASE 跨膜蛋白数据库，包括一些预测工具。

19. YPD （Yeast protein database 酵母蛋白质数据库）

20. CySPID (细胞骨架蛋白相互作用)

基因组数据库

1. Genome NCBI基因组数据库。

2. Mouse Genome Database (MGD) 小鼠基因组数据库。

3. ZFIN（Zebrafish Information Network genome database） 斑马鱼信息网基因组数据库

4. DICTYDB 盘基网柄菌（Dictyostelium discoideum ）基因组数据库。

5. EcoGene 大肠杆菌（Escherichia coli）K12基因组数据库。

6. FLYBASE 果蝇（Drosophila ）基因组数据库。

7. MAIZEDB 玉米基因组数据库。

8. SGD 酵母菌（Saccharomyces）基因组数据库。

9. SUBTILIST 纤小杆菌（Bacillus subtilis ）168基因组数据库。

10. WORMPEP 蠕虫（Caenorhabditis elegans )基因组计划蛋白数据库。

11. NRSUB（Non-redundant B.subtilis database） 无冗余枯草杆菌数据库。

12. SubtiList（Bacillus subtilis 168 genome database） 枯草杆菌168基因组数据库。

13. HIV Database HIV序列数据库。

14. TubercuList（Mycobacterium tuberculosis H37Rv genomedatabase）分支结核杆菌H37Rv基因组数据库

其它数据库

1. GeneMANIA 基因功能相关性预测数据库

2. TiGER 组织特异性基因表达调节数据库（Tissue-specific Gene Expression and Regulation）

3. BioGRID , a general repository for interaction datasets. 生物蛋白质和遗传相互作用数据库(Biological General Repository for Interaction Datasets)。

4. GCRDB G-蛋白结合受体数据库(G-protein--coupled receptor database)。

5. OMIM MIM 人类孟德尔遗传学数据库（Mendelian Inheritance in Man Database）。

6. RHDP 放射杂交体数据库(The Radiation Hybrid Database)。

7. SWISS-2DPAGE 日内瓦大学（the University of Geneva）人类两维凝胶蛋白数据库（Human 2D Gel Protein Database）。

8. ExPASy: genomics 提供EPD • collection of eukaryotic promoters •OMA • orthology inference among complete genomes. • smirnaDB • miRNA expression profiles analysis • SwissRegulon • annotations of regulatory sites

9. Google miRNA数据库导航：https://sites.google.com/site/mirnatools/mirna-databases

10. TRANSFAC 转录因子数据库（Transcription factor database）。

11. SRPDB 信号识别位点数据库（Signal recognition particle database ）。

12. 中国微生物资源数据库群 包括中国微生物菌种目录数据库、 经济真菌多媒体数据库 、革兰氏阴性杆菌编码鉴定数据库、微生物物种编目数据库、国际微生物菌种数据网络MSDN中国国家节点、各类微生物主题库、病毒主题库、众多国际核酸蛋白质数据库以及多种在线生物信息学分析工具等

13. ClinicalTrials.gov 美国临床试验注册数据库