蛋白核酸结构在线预测

核酸序列的预测分析

1.重复序列分析

CENSORhttp://www.girinst.org/

RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker

Xblast程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

2. 数据库搜索

NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

3.编码区统计特性分析:

GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/

GenMARKwww.genmarkag.com/

tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html
蛋白质结构和功能的预测分析

1.预测蛋白质的物理性质

ExPASyhttp://www.expasy.ch/tools/

PROPSEARCHhttp://www.embl-heidelberg.de/prs.htm

SAPShttp://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html

2.蛋白质二级结构预测 :

NnPredicthttp://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html

PredictProtein（国内镜像）：http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/

Tmpred http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html

SignalPhttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

3.蛋白质三维结构预测 :

SWISS-MODELhttp://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html

PSI-BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/