蛋白序列数据库:
★SWISS-PROT是对数据人工审读很严格的蛋白质库。http://www.expasy.ch/sprot/
★TrEMBL是从EMBL库中的核酸序列翻译出来的氨基酸序列，已经完成了自动注释。http://www.ebi.ac.uk:5000
★PIR是蛋白质信息资源的缩写。http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/
★GenBank是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列，与TrEMBL相似、但没有像后者那样经专家审读。http://www.infobiogen.fr/srs/
★PROSITE,由专家根据生物知识审编的SWISS-PROT蛋白质序列中有生物意义的位点、模式和轮廓的数据库。http://www.expasy.ch/prosite/
★PSD,蛋白质序列数据库，是PIR的主体。http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/texpsd.html
★PATCHX,PIR的子库之一，收入尚未纳入PIR库的蛋白质序列。http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/patchx.html
★ARCHIVE,PIR的子库之一，保存PIR库中条目的原始文献或最初提交的序列。http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/achive.html
★ProClass,蛋白质类数据库，是根据PROSITE库和PIR库中超家族的关系组织起来的非冗余蛋白质库。http://pir.georgetown.edu/gsfserver/prolclass.html
http://diana.uthct.edu/proclass.html
★PIR-ASDB,PIR的注释和相似性数据库。http://www-nbrf.georgetown.edu/por/
★ENZYME,基于命名系统的酶数据库。http://www.expasy.ch/enzyme/
★BRENDA,这是一个内容广泛的酶的信息库。http://www.brenda.uni-koeln.de/
★OWL,蛋白质序列库，是由SWISS-PROT，PIR，GenBank翻译序列和PDB等数据库产生的非冗余的蛋白质序列库。http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmb5dp/owl.html
★GeneCards,由以色列魏茨曼科学研究所维护的关于基因及其产物，以及它们的生物医学应用的文献库。http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards
★SWISS-2DPAGE,由二维聚丙烯酰胺凝胶电泳所确定的蛋白质的参考图谱数据库，包括文本和图象信息，通向其他2D-PAGE数据库的链接等。http://www.expasy.ch/ch2d/
★HDB,组蛋白数据库，包括联配好的组蛋白序列以及已确认包含有组蛋白折叠模体的非蛋白序列，以及所有已知组蛋白和组蛋白质折叠的结构，同时指出不同数据库中类似序列的差异。http://genome.nhgri.nih.gov/histones/
★HOBACGEN数据库，包含按家族组织的所有细菌的蛋白质序列，有助于从各种细菌选取同源家族，作多序列联配和构建亲缘树。http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hobacgen.html
★MITOP,线粒体蛋白质组数据库，包括线粒体有关的基因、蛋白质和疾病信息。http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/
★MITOMAP,人类线粒体基因组数据库。http://www.gen.emory.edu/mitomap.html
★REBASE,限制性内切酶和甲基化酶数据库。http://www.neb.com/rebase
★ProtoMap,蛋白质分类数据库。http://www.protomap.cs.huji.ac.il/
★ISSD蛋白质序列数据库。http://www.protein.bio.msu.su/issd/
★PRF,日本蛋白质研究基金会维护着三个蛋白质和多肽数据库：PRF/LITDB文献库、PRF/SEQDB序列库及PRF/SYNDB合成产物库。http://prfsun2.prf.or.jp/
★MEROPS,肽酶数据库。http://www.bi.bbsrc.ac.uk/Merops/Merops.html
★PKR,蛋白激酶信息库。http://www.sdsc.edu/Kinases/pkr/pkk_catalytic/pk_cat_list.html
★Wnt基因网页。http://vonbaer.ana.ed.ac.uk/rnusse/wntwindow.html
★PhosphoBase,磷酸化位点数据库。http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/
★SYSTERS,蛋白质集团数据库。http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/
★DIP蛋白质相互作用数据库。http://URLdip.doe-mbi.ucla.edu/
★DexH/D数据库。http://www.columbia.edu/~ej67/dbhome.htm
★ Homeodomain,同源异形结构域数据库。http://genome.nhgri.gov/homeodomain/
★InBase,新英格兰生物实验公司的蛋白质剪接数据库。http://www.neb.com/neb/inteins.html
★LGICdb,配体门控离子通道数据库。http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html
★SENTRA,信号传递蛋白质数据库。http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/Sentra/
★ICN,离子通道网络，是由美国神经科学数据库中心等单位联合建立的一个内容丰富的网页。http://pain.med.umn.edu/csn/
★Aaindex,氨基酸索引数据库。http://www.genome.ad.jp/aaindex/
蛋白质结构和分类数据库:
★ PDB,蛋白质结构数据库。http://www.rcsb.org/pdb/
★ RCSB,结构生物信息学信息学合作研究组织。http://www.rcsb.org/
★PDBNEW,下一版PDB库正式发布前收到的全新或更新条目。http://www.pdb.bnl.gov/
★ PDBFinder,在PDB、DSSP、HSSP、基础上建立的二级库，包含PDB序列、作者、R因子、分辨率、二级结构等。http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/
ftp://swift/embl-heidelberg.de(/pdbfinder
★ PDB at a Glance清单。http://cmm.info.nih.gov/modeling/pdb_at_a_glance.html
★ PDBselect数据库。http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/
★ PDBsum是PDB库中数据的更便于阅读的总结和分析，以及一些衍生数据。http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html
★ BioMagResBank简称BMRB，是关于多肽、蛋白质和核酸的核磁共振数据库。http://www.bmrb.wisc.edu/
★ CSD,剑桥结构数据库。★ NRL-3D,三维结构已经确定的蛋白质序列库。http://www.gdb.org/Dan/proteins/nr13d.html
★ FAMBASE,,是每个蛋白质家族的代表序列的集合，它有助于加速同源性搜索。http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/fambase.html
★ ProtFam,蛋白质超家族的序列联配数据库。http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protfam/protfam/
★ SCOP,蛋白质结构分类数据库。http://www.ipc.pku.edu.cn/scop/
★ CATH,蛋白质结构与功能关系分类数据库。http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/
★ PIR-ALN,蛋白质序列联配数据库。http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/alndb.html
★ 3Dee,蛋白质结构域定义的数据库。http://circinus.ebi.ac.uk:8080/3Dee/
★ ProTherm,蛋白质及其变异体热力学数据库。http://www.rtc.riken.go.jp/protherm.html
★ ASTRAL是基于SCOP数据库的一组分析蛋白质结构和蛋白质序列的数据库和工具。http://astral.stanford.edu/
★ RESID,蛋白质翻译后修饰情况的数据库。http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textresid.html
★ SMART是简单模块构架搜索工具的缩写。http://SMART.embl-heidelberg.de/
★ PROMISE数据库。http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmbknd/promise/MAIN.html
★ MMDB蛋白质分子模型数据库。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/
★ VAST矢量联配搜索工具。http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/
★ DSSP,PDB库中所有蛋白质条目的二级结构归属数据库。http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/
★ HSSP,按同源性导出的蛋白质二级结构数据库。http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/
★ Dali/FSSP,基于PDB数据库中现有蛋白质三维结构，用自动结构对比程序Dali逐一比较而形成的折叠单元和家族分类库。http://www.embl-ebi.ac.ul/dali/
http://croma.ebi.ac.uk/dali/fssp/
★ 3d_ali数据库，搜集彼此相关的蛋白质序列和结构数据。http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html
★ DEF蛋白质折叠类的预测数据库。http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html
★ INFOGENE,Sanger中心计算基因组学小组维护的、各基因组测序计划所提供的序列中已知的蛋白质和预测出的基因与蛋白质的数据库。http://genomic.sanger.ac.uk/inf/infodb.html
★ TMBase,跨膜蛋白数据库。ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase)
★ PRESAGE是关于结构基因组学的一个数据库，它为库中每个蛋白质搜集了反映当前实验状况、结构、模型和研究建议的注释。http://presage.stanford.edu/
★ SBASE,带有注释的蛋白质序列片、即蛋白质结构域的数据库，由ICGEB建立和维护。http://www.icgeb.trieste.it/sbase/
★ InterPro,集成的蛋白质结构域和功能位点数据库。http://www.ebi.ac.uk/interpro/
★ HITS,瑞士新近建立的一个蛋白质结构域数据库。http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index
★ BLOCKS,蛋白质分类与同源性数据库，包含蛋白质家族中保守区域的组块多序列联配的数据。http://www.blocks.fhcrc.org/
★ BLOCKS+数据库。http://www.blocks.fhcrc.org/
★ PFAM高质量的蛋白质结构域家族数据库。http://www.sanger.ac.uk/Sorfware/Wise2/
★ PRINTS数据库最近改名为PRINTS-S，这是一个蛋白质家族的指纹和模体数据库。http://www.bioinfo.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/
★ ProDom自动产生的蛋白质结构域家族数据库。http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html
★ DOMO,蛋白质结构域数据库。http://www.infobiogen.fr/services/domo/
★ GRBase,这是参与基因调控的蛋白质的数据库。http://www.access.digex.net/~regulate/
★ PMD,蛋白质突变体数据库。http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/
★ GLYCBASE,蛋白质糖基化位点数据库。http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/
★ ORDB嗅觉受体蛋白质序列数据库。http://ycmi.med.yale.edu/senselab/ordb/
★ CarbBank亦称CCSD，复杂碳水化合物结构数据库，通常与蛋白质结构数据库归在一起。http://www.ccrc.uga.edu
★ SWISS-3DIMAGE,蛋白质三维图象和PDB浏览器。http://www.expasy.ch/sw3d/
★ IMB,大分子三维图象库。http://www.imb-jena.de/IMAGE.html
★ BioImage,多维生物学数据库。http://www-embl.bioimage.org/
★ MolMovDB,耶鲁大学的生物信息学研究室维护的分子运动数据库。http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/
★ ModBase,蛋白质结构模型比较数据库。http://pipe.ruckefeller.edu/modbase/
比较基因组学和蛋白质组学数据库:
★COG直系同源聚类数据库。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/
★GeneCensus,耶鲁大学生物信息学研究室维护的各物种基因组的比较数据库，着重于折叠单元的结构对比。http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/
★XREFdb,哺乳动物和模式生物的基因和遗传学交叉引用数据库。http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/
★YPD,酿酒酵母蛋白质组数据库。http://www.proteome.com/YPDhome.html
★WormPD,线虫蛋白质组学数据库。http://www.proteome.com/YPDhome.html
基因表达数据库:
★Flyview,果蝇基因表达数据库。http://flyview.uni-muenster.de/
★Flybrain,果蝇神经系统图谱和数据库。http://flybrain.uni-freiburg.de/
★NEXTDB,线虫基因表达模式数据库。http://watsom.genes.nig.ac.jp:8080/db/
★MAGEST数据库，其名字来自Maboya Gene Expression patters and Sequence Tags 短语的缩写。http://star.scl.kyoto-u.ac.jp/magest/
★BodyMap,人类和家鼠基因表达数据库。http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/
★Axeldb,非洲爪蟾基因表达数据库。http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.html
★XMMR,非洲爪分子标记资源。http://vize222.zo.utexas.edu/
★TRIPLES,酵母基因功能数据库，设在耶鲁大学医学院的基因组分析中心。http://ygac.med.yale.edu/triples/
★MGEIR,集成的家鼠基因表达信息资源。http://genex.hgu.mrc.ac.uk/
★GXD,家鼠基因表达数据库。http://www.informatics.jax.org/searches/gxdindex_form.html
★EpoDB,脊椎动物红细胞生成基因表达分析数据库。http://cbil.humgen.upenn.edu/epodb/
★KidneyDB,肾脏发育数据库。http://www.ana.ed.ac.uk/anatomy/kidbase/kidhome.html
★ToothExp,牙齿基因表达数据库。http://honeybee.helsinki.fi/toothexp/toothexp.html
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