16个最好的蛋白质研究数据库

哪些蛋白质数据库最受研究者欢迎？

GEN网站罗列出16个，包括BioGRID, DDBJ, ExPasy, Gepasi, IntAct, KEGG, MINT, MS-Fit, NCBI, STRING, Uniprot等，详细列表请见如下内容。

BioGRID数据库于2003年建立，是一个有关于蛋白质—蛋白质以及基因相互作用的数据库。

蛋白质预测分析

物理性质预测： 
Compute PI/MW http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPShttp://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html

基于组成的蛋白质识别预测 
AACompIdent http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html AACompSim http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.html 

二级结构和折叠类预测
nnpredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredictPredictprotein http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html

生物信息学相关网站

生物信息学与生物计算：http://bioinformatics.weizmann.ac.il/ 
     这是生物信息学和生物计算学的网站，由Weizmann科学研究所，生物服务部和Crown人类基因组学中心支持。研究领域主要涵盖序列分析，蛋白质组学和基因组学等。该网站提供了数据库，电子论坛，教育，新闻，软件，招聘启事等。该网站还提供了相关链接，包括欧洲分子生物学以色列国家网点，以色列国家基因组基础设施实验室以及国际生物信息学合作中心。 

生物信息学专题：http://www.biosino.org/bioinformatics/bioinfo.htm 
     中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站中的生物信息学专题提供与生物信息学有关的新闻信息，生物信息学文献的介绍（包括的课题例如：鉴别肿瘤的亚型，

miRNA研究中常用的软件和数据库资源

（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。 网址：http://mirbase.org/index.shtml

（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。网址：http://starbase.sysu.edu.cn/

（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。网址：http://microrna.gr/tarbase/

（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。网址：http://mirecords.biolead.org/

（5） targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。网址：http://www.targetscan.org/

microRNA相关的数据库与预测、分析软件

miRBase: http://www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

miRecords: http://mirecords.biolead.org/动物 miRNA的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.

PMRD: http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。

蛋白表达数据库大全

蛋白序列数据库:

★SWISS-PROT是对数据人工审读很严格的蛋白质库。http://www.expasy.ch/sprot/

★TrEMBL是从EMBL库中的核酸序列翻译出来的氨基酸序列，已经完成了自动注释。http://www.ebi.ac.uk:5000

★PIR是蛋白质信息资源的缩写。http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/

★GenBank是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列，与TrEMBL相似、但没有像后者那样经专家审读。http://www.infobiogen.fr/srs/

★PROSITE,由专家根据生物知识审编的SWISS-PROT蛋白质序列中有生物意义的位点、模式和轮廓的数据库。http://www.expasy.ch/prosite/

★PrositeScan服务器，根据用户填表提交的蛋白质序列搜索PROSITE模式。http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html

蛋白核酸结构在线预测

核酸序列的预测分析

1.重复序列分析

CENSORhttp://www.girinst.org/

RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker

Xblast程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

2. 数据库搜索

NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

3.编码区统计特性分析:

GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/

GenMARKwww.genmarkag.com/

tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html

常用生物学数据库

核酸数据库

1. GenBank 美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。

2. EMBL Database 欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。

3. DDBJ DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序列数据库。

4. TIGR DATAbase世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。

5. UniGene 属于genebank一部分，整合mRNA、EST序列以及功能gene的生物基因聚类数据库。

6. KEGG 京都基因与基因组百科全书，基因相互作用数据库。

7. IMGT ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。

8. dbEST 序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。

9. miRBase the microRNA database 生物microRNA数据库

10. 5S rRNA 5S rRNA 数据库。

11. EPD 真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）

免费下载SCI全文文献的14个方法

近年来随着PLoS ONE这艘超级航母的成功打造，开放存取(Open Access)更多地进入了人们的眼球，免费阅读下载全文文献的时代已经来临，当然这种方式对于读者来说，是相当幸福的，但对于发表在OA期刊上的原文作者来说，确实付出了一些代价，如PLoS ONE对于中国大陆的作者收取版面费标准为1350美元每篇，这在所有国际期刊中，是一个比较高的数额了。

除了PLoS ONE外，还有众多OA期刊，下面为大家推荐一些常用OA期刊检索系统：

1、DOAJ OA期刊检索平台：http://www.doaj.org

DOAJ (Directory of Open Access Journal)，由瑞典的隆德大学图书馆 Lund University Libraries设立于2003年5月，从最初的350种期刊开始，截至2011年6月，已收录开放存取期刊6596种、文章超过57万篇。该目录收录的均为学术性、研究性期刊，具有免费、全文、高质量的特点。其质量源于所收录的期刊实行同行评审，或者有编辑作质量控制，故而对学术研究有很高的参考价值。

研究生常用的十九大搜索引擎

1. http://scholar.google.com/ 这个不多讲了，不管外文还是中文，一样拿下。

2. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 最开始接触的文献搜索引擎。PubMed是因特网上使用最广泛的免费MEDLINE,是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的,基于WEB的生物医学信息检索系统,它是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。PubMed界面提供与综合分子生物学数据库的链接，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据，3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线，也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接等。PubMed系统的特征工具栏提供辅助检索功能、侧栏提供其它检索如期刊数据库检索、主题词数据库检索和特征文献检索。提供原文获取服务免费提供题录和文摘，可与提供原文的网址链接，提供检索词自动转换匹配，操作简便、快捷。最新最全最权威，文献必备。

3. http://pubmed.cn/ 丁香园的学术搜索引擎，搜索文献提供文件类型，影响因子等筛选条件，与NCBI的pubmed相比，中文用户更易上手，并且搜索到的文献可以通过丁香园的叮当求组全文，很好用；另外还提供图库，词典，期刊以及最新德国家自然科学基金（NSFC）的搜索，对选题选刊都很有帮助。

4. http://www.soyid.com/ 搜一点学术搜索，优秀集成学术搜索系统，完美解决用户逐一登陆各学术搜索引擎进行学术搜索等繁琐操作，实现了一次输入关键词，轻松点击即可群搜全球100多个学术搜索引擎。集成的在线英语词典，文献检索，学术搜索，科学导航以及在线英语电台是大学生，研究生，科研人员非常喜欢的科研搜索和英语听力学习工具。

5. http://www.scirus.com Scirus是目前互联网上最全面、综合性最强的科技文献搜索引擎之一，由Elsevier科学出版社开发，用于搜索期刊和专利，