16个最好的蛋白质研究数据库

哪些蛋白质数据库最受研究者欢迎？

GEN网站罗列出16个，包括BioGRID, DDBJ, ExPasy, Gepasi, IntAct, KEGG, MINT, MS-Fit, NCBI, STRING, Uniprot等，详细列表请见如下内容。

BioGRID数据库于2003年建立，是一个有关于蛋白质—蛋白质以及基因相互作用的数据库。

miRNA研究中常用的软件和数据库资源

（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。 网址：http://mirbase.org/index.shtml

（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。网址：http://starbase.sysu.edu.cn/

（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。网址：http://microrna.gr/tarbase/

（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。网址：http://mirecords.biolead.org/

（5） targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。网址：http://www.targetscan.org/

microRNA相关的数据库与预测、分析软件

miRBase: http://www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

miRecords: http://mirecords.biolead.org/动物 miRNA的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.

PMRD: http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。

蛋白表达数据库大全

蛋白序列数据库:

★SWISS-PROT是对数据人工审读很严格的蛋白质库。http://www.expasy.ch/sprot/

★TrEMBL是从EMBL库中的核酸序列翻译出来的氨基酸序列，已经完成了自动注释。http://www.ebi.ac.uk:5000

★PIR是蛋白质信息资源的缩写。http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/

★GenBank是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列，与TrEMBL相似、但没有像后者那样经专家审读。http://www.infobiogen.fr/srs/

★PROSITE,由专家根据生物知识审编的SWISS-PROT蛋白质序列中有生物意义的位点、模式和轮廓的数据库。http://www.expasy.ch/prosite/

★PrositeScan服务器，根据用户填表提交的蛋白质序列搜索PROSITE模式。http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html

常用生物学数据库

核酸数据库

1. GenBank 美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。

2. EMBL Database 欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。

3. DDBJ DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序列数据库。

4. TIGR DATAbase世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。

5. UniGene 属于genebank一部分，整合mRNA、EST序列以及功能gene的生物基因聚类数据库。

6. KEGG 京都基因与基因组百科全书，基因相互作用数据库。

7. IMGT ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。

8. dbEST 序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。

9. miRBase the microRNA database 生物microRNA数据库

10. 5S rRNA 5S rRNA 数据库。

11. EPD 真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）