生物信息学分析实例

ORF预测的可靠性检验
设计引物：Primer Premier 5.0评估引物质量：Oligo 6.65 或Oligonucleotide Properties Calculator
NCBI的blast 2 SEQUENCES程序 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/wblast2.cgi

核苷酸序列＝>氨基酸序列
制作密码子用法表
蛋白质理化性质分析
在线分析
ExPasy服务器上的ProtParam http://us.expasy.org/tools/protparam.html 

microRNA相关的数据库与预测、分析软件

miRBase: http://www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

miRecords: http://mirecords.biolead.org/动物 miRNA的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.

PMRD: http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。

蛋白核酸结构在线预测

核酸序列的预测分析

1.重复序列分析

CENSORhttp://www.girinst.org/

RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker

Xblast程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

2. 数据库搜索

NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

3.编码区统计特性分析:

GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/

GenMARKwww.genmarkag.com/

tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html

【软件】DNAMAN v8.0 全功能英文免注册版

『软件信息』

软件名称：DNAMAN

软件版本：8.0.8.789

官方网站：http://www.lynnon.com/

【软件】BioEdit v7.0

【功能简介】
—————————————————-
BioEdit是一个性能优良的免费的分子生物学应用软件，可对核酸序列和蛋白质序列进行常规的分析操作等。与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口。
新版本还增加了不少功能，如引物设计等。
总之与 DNAMAN 相比，有过之而无不及，强烈推荐使用:-)

【汉化说明】
—————————————————-
先行安装原英文版软件，再安装本简体中文包后运行主程序即可!
本简体中文语言包是在7.0.1基础上汉化的，同时也可以使用于各个版本的BioEdit。因采用外挂语言包形式，故软件中仍有不少地方显示为英文。

Download “bioedit v7.0”ilab – Downloaded 0 times – 4 kB

本文来自：叉叉实验室 » 《BioEdit V7.0.1 汉化版》 »转载请注明出处

结构功能在线预测

核酸序列的预测分析
 重复序列分析
CENSORhttp://www.girinst.org/
RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker
Xblast程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
 数据库搜索
NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
 编码区统计特性分析:
GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
GenMARKwww.genmarkag.com/
tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/
GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html

核酸序列分析

★Analysis and Annotation Tool for Finding Genes in Genomic Sequences
5-3-2-DcDPDFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/aat.html
Identifies genes in a DNA sequence by comparing it to cDNA and protein sequence databases (including those at HGI, TIGR, dbEST, Swiss-Prot and nr).

★Pairwise Sequence Alignment
3-4-2-DcUPUFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/align/align.html
Computes the global alignment between two sequences. Compare DNA with DNA, cDNA or protein. For DNA and cDNA, settings (gap open penalty, gap extension etc.) can be defined.